淨膚雷射治療有時易發生手術區高功率的雷射反射,會産生多煙、臭味或誤傷眼睛致失明的危險,對于靠近主要器官、神經、血管的浸潤性癌(如聽覺器官癌),不可能剝離摘除的出血多的組織部位的腫瘤(如上咽喉或巨大的血管性腫瘤)時淨膚雷射手術不理想;飛梭雷射手術裝置和手術顯微鏡的連接以及雷射器操作手柄的靈活性比手術刀還有不少不足之處。